Přestup do Miami

Kvůli neshodám s Johnsonem, byl po třech sezonách v dresu Charlotte, vyměněn do Miami. Ti s ním následně podepsali sedmiletou smlouvu na 105 milionů dolarů. Jeho první sezona mu ovšem nevyšla, Miami sice do play off postoupili, ale byli vyřazeni hned v prvním kole Chicagem Bulls (1996). O rok později dovedli Alonzo s Timem Hardawayem Heat opět do play off, kde si prvním kole poradili po boji s Orlandem 3:2 na zápasy. Ve druhém kole je čekal New York, který po velké bitvě 4:3 také udolali. Výhrou na Knicks postoupilo Mimai až do finále konference. Soupeřem bylo opět Chicago s Michaelem Jordanem a byla z toho prohra v pěti zápasech.

V sezoně 1997/98 Miami padli už v prvním kole s New York Knicks 3:2 na zápasy, neboť Alonza stihl pěti-zápasový trest a svému týmu citelně chyběl. Důvodem byl soudní spor s ex-kolegou Larry Johnsonem.

V následující sezoně Mourning vyhrál cenu pro nejlepšího obránce, patřil do prvního týmu obránců a do prvního týmu hvězd celé ligy. Ani to však nepomohlo, protože Heat byli znovu vyřazeni v prvním kole New Yorkem Knicks. Mourning měl v této sezoně průměry 20,1 bodů, 11 doskoků a 3,9 bloků - jeho úspěšnost střelby přesáhla opět 50 %.

O rok později Mourning opět vyhrál cenu pro obránce roku, znovu patřil do prvního týmu obránců a tentokrát byl vybrán do druhého týmu celé NBA. V play off čekal jeho tým Detroit Pistons, který přejeli 3-0 na zápasy. Ve druhém kole se utkali, stejně jako poslední tři roky, s New Yorkem, ale zase prohráli, tentokrát 4-3.

Před sezonou 2000/01 Miami udělalo velkou přestavbu týmu, aby bylo konečně schopno hrát o titul. Ani tento krok nepomohl, protože ztratili Mourninga, kterému diagnostikovali onemocnění ledvin a kvůli této nemoci byl nucen vynechat 5 měsíců sezony.

Další sezonu už byl Mourning schopen hrát a podařilo se mu dostat do výběru pro All-Star. V této sezoně se ale Miami do play off postoupit nepodařilo. Následně se jeho zdravotní stav opět zhoršil, přišlo vynechání celého roku a následně mu v klubu nebyla prodloužena smlouva.

New Jersey Nets

V roce 2003 podepsal jako volný hráč smlouvu s New Jersey Nets. Mourning byl 25. listopadu 2003 nucen odejít z NBA, kvůli jeho nepřestávajícími potížemi s ledvinami. Nakonec vše vyřešila 19. prosince 2003 úspěšná transplantace ledviny. V lednu 2004 Mourning začal už naplno trénovat.

V sezoně 2004/05 už hrál naplno, avšak již nedostával tolik času, jako byl zvyklý a zažádal o přestup. New Jersey mu vyhověli a vyměnili ho do Toronta Raptors. V Kanadě ale nikdy nehrál, protože ho vykoupili z jeho devíti milionové smlouvy.